在与初号机建立连接的一刹那，坐在驾驶舱内的欣然不仅感受到了非人类的异样排斥情绪，甚至还感受到了触目惊心的警告与厌恶。
这种与非人类生命形式第四类接触（精神层面的交流）、并且明白了它对自己的厌恶的感觉相当难受。
“果然光是有体质也不行么……”
寄宿了碇唯灵魂的初号机只接受真嗣以及过去一片空白的凌波，感受到欣然精神层面上对真嗣的恶意，它会产生排斥反应也是理所当然。
难道这次要当个路人甲？
“不，还有机会……”
欣然将目光投向了旁边不远处的零号机，这是凌波的专用EVA……
……
这里是NERV基地最上层的秘密会议大厅。
离开战略会议室的碇堂源第一时间来到了这里，坐在空无一人的环形办公桌旁静静等待着什么人的出现。
SEELE，这就是在背后操纵NERV的组织的名称，在德语中与“神”同意，其本身也确实如同神一样无处不在，它的创建人、具体创建时间因为太过久远而无法考证。
在第二次冲击之后，全球人口减半，经济崩溃，不少国家自此灭亡，一直深藏于幕后窥视世界已久的SEELE主动出击，以雷霆之势窃取各国实权，得到了极为庞大的财力、资源。
它的成立表面上是设立NERV迎击来历不明的使徒，保卫人类家园不受侵犯，实则只有一个目的——人类补完——即人工促进人类进化为完整的神。
人类的肉身以及心灵都是由脆弱的物质构成的，很容易就会受到伤害，人与人之间，心灵彼此隔绝，人类想向更高的领域进化就必须使心灵摆脱肉体的束缚，重新回归到人类的诞生之地“莉莉丝（第二使徒）之卵”中，唯有如此才能解除人与人之间的心灵壁障，走向进化的终点——永生不死的神。
至于具体方法……
“碇——”
就当碇堂源有些出神时，对面的位置浮现出一个老人的立体投影，仿佛起了连锁反应，另外十一位老人的立体投影紧跟着亮起。
会议正式开始。
“EVA不能好好使用吗？”
“零号机和第一次出击就损坏的初号机的修理费以及武装大楼的维修费用足以让一个二线国家垮台呀！”
“把钱花在玩具上没什么不好，但忘掉重要的事情可就伤脑筋了。”
“你的工作应该不止这样吧？”
几个议员刚刚出面就是一顿训斥，碇堂源闷声不响。
“人类补完计划——这对处于绝望状态下的我们来说是唯一的希望，请你务必认真！”中间的基路议员总结道：“总之，由于使徒会再次来袭，我不允许你延误进度，当然，你也要考虑预算！”
“剧本中的故事已经开始上演，我们拭目以待！”
“我明白！”
……
“结果如何？”
回到作战会议室后，碇堂源冷声问道。
“报告司令，零号机同步率实验很成功……但是，这个少年就仿佛是凭空出现的一样，除了得知他名为‘欣然’以外，没有关于他的任何情报，而且他拒绝接受身体检查，目前正由谍报部门看守，尚且相安无事……”